Evaluación de la diversidad genómica y las relaciones filogenéticas de Salmonella enterica aislada a partir de pollo comercializado en mercados de la ciudad de Ambato mediante secuenciación de Tercera Generación
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Date
2026-07
Authors
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Publisher
Universidad Técnica de Ambato. Facultad de Ciencia e Ingeniería en Alimentos y Biotecnología. Carrera de Biotecnología
Abstract
Salmonellosis is one of the most important foodborne diseases worldwide, with S. enterica being one of the main pathogens associated with the poultry production chain. In Ecuador, the commercialization of chicken in traditional markets constitutes a potential source of exposure, especially in cities such as Ambato, where information on the genomic characterization of circulating strains is limited. The present study evaluated the genetic diversity and phylogenetic relationships of 12 S. enterica strains isolated from chicken carcasses and giblets marketed in Ambato markets. The strains were sequenced using Oxford Nanopore technology and characterized through bioinformatics tools to determine serotypes, sequence types, virulence genes, antimicrobial resistance genes, plasmids, and prophages. Phylogenetic relationships were established through comparative analysis of single nucleotide polymorphisms with reference strains. The genomes showed completeness levels ranging from 95.52 percent to 100 percent. Eleven isolates belonged to the Infantis serotype and one to the Kentucky serotype. All strains carried genes associated with resistance to aminoglycosides and sulfonamides, whereas blaCTX-M-65 was detected in seven isolates. Phylogenetic analysis revealed the circulation of a predominant clonal lineage of S. Infantis related to poultry isolates previously reported in Ecuador. The results demonstrate the presence of multidrug-resistant strains of epidemiological importance and highlight the value of third-generation sequencing for strengthening genomic surveillance under the One Health approach.
Description
La salmonelosis es una de las enfermedades transmitidas por alimentos de mayor importancia a nivel mundial, siendo S. enterica uno de los principales patógenos asociados a la cadena avícola. En Ecuador, la comercialización de pollo en mercados tradicionales constituye una fuente potencial de exposición, especialmente en ciudades como Ambato, donde existe información limitada sobre la caracterización genómica de las cepas circulantes. El presente estudio evaluó su diversidad genética y relaciones filogenéticas en 12 cepas de S. enterica aisladas de carcasas y menudencias de pollo comercializado en mercados de Ambato. Las cepas fueron secuenciadas mediante la tecnología Oxford Nanopore y caracterizadas mediante herramientas bioinformáticas para determinar serotipos, secuencias tipo, genes de virulencia, resistencia antimicrobiana, plásmidos y profagos. Las relaciones filogenéticas se establecieron mediante el análisis comparativo de polimorfismos de nucleótido único con cepas de referencia. Los genomas presentaron niveles de completitud entre 95,52 por ciento y 100 por ciento. Se identificaron 11 aislamientos pertenecientes al serotipo Infantis y uno al serotipo Kentucky. Todas las cepas portaron genes asociados a resistencia a aminoglucósidos y sulfonamidas, mientras que blaCTX-M-65 se detectó en siete aislamientos. El análisis filogenético evidenció la circulación de un linaje clonal predominante de S. Infantis relacionado con aislamientos avícolas previamente reportados en Ecuador. Los resultados demuestran la presencia de cepas multirresistentes de importancia epidemiológica y destacan el valor de la secuenciación de tercera generación para fortalecer la vigilancia genómica bajo el enfoque One Health.
Keywords
BIOLOGÍA MOLECULAR, BIOINFORMÁTICA, SALUD PÚBLICA, DIVERSIDAD GENÓMICA, RELACIONES FILOGENÉTICAS, RAM, SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN, OXFORD NANOPORE TECHNOLOGIES, PATÓGENOS ALIMENTARIOS, SALMONELOSIS, SALMONELLA ENTÉRICA