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Título : Cribado virtual de inhibidores de la enzima ARN polimerasa ARN-dependiente (RdRp) del virus SARS-CoV-2, empleando librerías de compuestos y homología estructural con ARN polimerasas virales
Autor : García Solís, Mario Daniel
Espín Sánchez, Daysi de Lourdes
Palabras clave : CRIBADO VIRTUAL
BIOINFORMÁTICA
ACTIVIDAD ANTIVIRAL
INHIBIDORES ENZIMÁTICOS
VIRUS PATÓGENOS HUMANOS
SARS-COV-2
Fecha de publicación : ene-2021
Editorial : Universidad Técnica de Ambato. Facultad de Ciencia e Ingeniería en Alimentos y Biotecnología. Carrera de Ingeniería Bioquímica
Resumen : In late 2019, an unknown human respiratory disease, later designated as COVID-19, emerged in Wuhan-China, caused by a new coronavirus denominated SARS-CoV-2. The exploration of the SARS-CoV-2 genome and the study of its life cycle have made it possible to identify potential pharmacological targets. One of the most promising is the RNA-dependent RNA polymerase enzyme (RdRp), a key component of the viral replication/transcription mechanism. In this context, the goal of this research was to perform the virtual screening of SARS-CoV-2 RdRp inhibitors, to identify the most appropriate according to the properties of their binding affinity to the enzyme. A homology analysis using protein databases determined that 65 viral polymerases share sequence similarities, secondary structure, or both, with that of SARS-CoV-2, while their multiple sequence alignment showed that the RdRp active site is highly conserved across species. Additionally, using GOLD, molecular docking essays were performed with two target sites identified in the enzyme, one corresponding to the active site and the other to a theoretical allosteric site, in which a total of 285 compounds were tested. Thus, the results show that the compounds R7112, 23E and Lopinavir bind to the active site, while Favipiravir, Triparanol and Anagliptin bind to the allosteric site could be potential inhibitors of RdRp and therefore, candidates for the development of drugs to treat COVID-19.
Descripción : A finales de 2019, en Wuhan-China emergió una enfermedad respiratoria humana desconocida que se designó más tarde como COVID-19, la cual es causada por un nuevo coronavirus denominado SARS-CoV-2. La exploración del genoma del SARS-CoV-2 y el estudio de su ciclo de vida han permitido identificar potenciales dianas farmacológicas, siendo una de las más prometedoras la enzima ARN polimerasa ARN-dependiente (RdRp), componente clave de la maquinaria de replicación/transcripción del genoma viral. En este contexto, la presente investigación tuvo como objetivo realizar el cribado virtual de inhibidores de la RdRp del SARS-CoV-2, con el fin de identificar los más apropiados según las propiedades de su unión con la enzima. Un análisis de homología empleando bases de datos de proteínas determinó que 65 polimerasas virales comparten similitud de secuencia, estructura secundaria o ambas, con la correspondiente al SARS-CoV-2, mientras que el alineamiento múltiple de sus secuencias permitió establecer que el sitio activo de la enzima es altamente conservado. Adicionalmente, empleando el software GOLD se realizaron ensayos de acoplamiento molecular con dos sitios objetivo-identificados en la enzima, uno correspondiente al sitio activo y otro a un sitio alostérico teórico, en los cuales se probaron un total de 285 compuestos. De este modo, se tuvo como resultado que los compuestos R7112, 23E y Lopinavir en el sitio activo; y Favipiravir, Triparanol y Anagliptin en el sitio alostérico, parecen ser potenciales inhibidores de la RdRp y, por lo tanto, pueden ser candidatos para el diseño de fármacos para el tratamiento del COVID-19.
URI : https://repositorio.uta.edu.ec/jspui/handle/123456789/32086
Aparece en las colecciones: Carrera Ingeniería Bioquímica

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