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Title: Análisis de secuencias de genoma completo de Escherichia coli aisladas de vegetales y comida callejera de Ecuador
Authors: Calero Cáceres, William Ricardo
Sánchez Gavilanes, Lissette Katherine
Keywords: BIOINFORMÁTICA
GENÉTICA DE POBLACIONES
ECOLOGÍA DE POBLACIONES
RESISTENCIA ANTIMICROBIANA
PATÓGENOS ALIMENTARIOS
ESCHERICHIA COLI
Issue Date: Mar-2023
Publisher: Universidad Técnica de Ambato. Facultad de Ciencia e Ingeniería en Alimentos y Biotecnología. Carrera de Biotecnología
Abstract: Whole genome sequencing (WGS) is a fundamental tool for the analysis and detection of antimicrobial resistance genes (ARGs), virulence factors, and mobile genetic elements (MGEs) in bacterial genomes. Despite their advantages for epidemiological analysis, applying WGS in Ecuador is scarce and limited to Academia. The present study focused on in silico characterization of WGS of Escherichia coli isolated from vegetables and street food from markets in Ambato and Riobamba. The research line of this research is Microbiology and Biotechnology. For this study, paired-end read length sequences of 300 bp were used. In silico characterization was carried out through bioinformatics tools to detect ARGs, virulence, and MGE genes. Two isolates harbor the stx2 genes and various virulence factors. It was also identified that three strains carried the blaTEM and blaCMY genes, and different ADR determinants confer resistance to aminoglycosides, quinolones, tetracyclines, and sulfamethoxazole. Phylogenetic analysis indicated that the evolutionary interactions of resistance genes, virulence factors, and plasmid types did not correlate with the geographic origin and source of isolation, showing high diversity. These findings highlight the need to use WGS as a surveillance tool to analyze pathogenic E. coli in food matrices, taking into account a One Health perspective.
Description: La secuenciación de genoma completo (WGS) es una herramienta fundamental para el análisis y detección de genes de resistencia antimicrobiana (ARGs), factores de virulencia y elementos genéticos móviles (MGE) en genomas bacterianos. No obstante, la aplicación de WGS en Ecuador se desarrolla a través de la academia, mas no en la adopción de estas tecnologías como mecanismos de vigilancia y control epidemiológico en los sistemas de salud. El presente estudio se enfocó en la caracterización in silico de secuencias de genoma completo de Escherichia coli aisladas de vegetales y comida callejera procedentes de mercados de las ciudades Ambato y Riobamba, siguiendo como línea de investigación Microbiología y Biotecnología. Se emplearon secuencias de longitudes de lectura de extremo emparejado de 300 pb. La caracterización in silico se realizó a través de herramientas bioinformáticas empleadas para la detección de ARGs, virulencia y MGE. Los resultados de patogenicidad indicaron que 2 cepas portaban los genes stx2 y diversos factores de virulencia. Adicionalmente, se identificó que 3 cepas portaban los genes blaTEM y blaCMY y diferentes determinantes de RAM que confieren resistencia a aminoglucósidos, quinolonas, tetraciclinas y sulfametoxazol. Los análisis de filogenia indicaron que las interacciones evolutivas de ARGs, factores de virulencia y tipos de plásmidos no se correlacionaron con el origen geográfico y fuente de aislamiento, mostrando una elevada diversidad. Estos hallazgos destacan la necesidad de emplear WGS en la vigilancia y control de E. coli patogénica en matrices alimentarias, teniendo en cuenta una perspectiva One Health.
URI: https://repositorio.uta.edu.ec/jspui/handle/123456789/37956
Appears in Collections:Carrera de Biotecnología

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